Ngày 29/9/2008, Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Khánh Hòa đã phê chuẩn quyết định khởi tố vụ án và khởi tố bị can đối với ông Nguyễn Văn Khôi của cơ quan điều tra vào ngày 21/9/2008.