Trên thực tế, một số trường do ấn định điểm chuẩn quá cao, trong khi số sinh viên nhập học nguyện vọng 1 đạt tỷ lệ thấp nên dù đã tuyển đến NV3 vẫn chưa đủ chỉ tiêu. Điển hình là Trường ĐH Y Hà Nội, hiện mới có 480 sinh viên nhập học (trên tổng số 800 chỉ tiêu). Trường có công văn xin hạ điểm nhưng đã không được Bộ GD-ĐT chấp thuận