Để thu phục tướng lĩnh, ông Obama đã đưa ra những nguyên tắc cho mình: giữ thể diện cho binh lính, không phê bình và làm mất mặt họ cho dù họ công khai phản đối. Tháng 5/2009, Tổng thống Mỹ đã cách chức Chỉ huy tối cao của quân đội Mỹ tại Afghanistan, ông David McKiernan rồi giao lại cho ông Stanley McChrystal đảm nhận.

Lặng lẽ theo học lớp "quân sự" Một kết quả điều tra trong quân đội Mỹ vào tháng 1/2009 cho thấy, khoảng 3/5 số người được phỏng vấn cảm thấy "không lạc quan" hay "không xác định" trước những biểu hiện của Tổng thống đắc cử Barack Obama, người sẽ là Tổng tư lệnh Các lực lượng vũ trang tương lai của quân đội Mỹ bởi họ cho rằng, ông không phù hợp và thiếu kinh nghiệm trong lĩnh vực này. Thế nhưng, biểu hiện của ông Obama sau khi lên nhậm chức tương đối cứng rắn: bằng những hành động cụ thể như tiến hành rút quân khỏi Iraq và tăng cường quân tới Afghanistan... Tuy nhiên, rất ít người biết rằng, khi còn là ứng cử viên tổng thống Mỹ vào năm 2008, ông Obama đã lặng lẽ theo học lớp bổ sung kiến thức về quân sự. Ông Obama nhiều lần bí mật tới "bái kiến" Colin Powell, cùng vị tiền bối này thảo luận về các sách lược quân sự. Ông Powell là niềm tự hào của người da màu ở Mỹ, trước khi ông Obama lên làm Tổng thống Mỹ, ông Powell đã vinh danh cho người da màu ở Mỹ khi "đi đầu" trên nhiều lĩnh vực: người da màu đầu tiên trở thành Chủ tịch Hội đồng Tham mưu trưởng liên quân, người da màu đầu tiên trở thành Ngoại trưởng Mỹ. Sự khiêm nhường của ông Obama đã để lại ấn tượng sâu sắc cho ông Powell. Vị nhân sĩ theo phe Cộng hòa này sau đó đã công khai nói rằng ông Obama "phù hợp với Tổng tư lệnh quân đội Mỹ", và công khai ủng hộ ông Obama trước khi bầu cử, chứ không phải là ứng cử viên đảng Cộng hòa John McCain. Khi "trận chiến" với ông McCain đi vào giai đoạn cam go nhất, tháng 7/2008, ông Obama đã đáp máy bay tới thăm căn cứ quân sự Mỹ tại Kuwait, với mục đích rất rõ ràng: lấy hành động này để chứng minh mình đã chuẩn bị tốt cho việc đảm đương vị trí Tổng tư lệnh Quân đội Mỹ. Bài học "điều binh khiển tướng" Cố vấn cao cấp của ông Obama cho biết, việc "thay tướng khi lâm trận" đánh dấu rằng cuộc chiến Afghanistan đã trở thành cuộc chiến do chính ông Obama lãnh đạo.Thế nhưng, trước khi ông Obama tuyên bố tăng quân, ông McChrystal công khai yêu cầu tăng quân, tăng chi phí quân sự và rằng việc bố trí ít quân đội và hành động ít hơn là "thiển cận". Một ngày sau, ngày 2/10/2009, Tổng thống Mỹ đã có cuộc hội đàm với ông McChrystal trên chuyên cơ Air Force One khi đang trở về nước sau một chuyến thăm. Theo lời hồi tưởng của người trợ lý, mặc dù ông Obama cảm thấy "không hào hứng" trước những lời kêu gọi công khai của ông McChrystal, nhưng do không muốn phá vỡ mối quan hệ của mình với viên chỉ huy này nên ông không hề phê bình những lời nói của viên tướng này. Một quan chức cao cấp cho hay, ông Obama có ý định xây dựng một quan hệ chính thức, có khoảng cách nhất định với các binh sĩ. Điều này cho thấy Tổng thống Mỹ rất coi trọng quan hệ cấp bậc, "ông cho rằng đây là cách tiếp nhận thông tin và khống chế tiến trình hiệu quả nhất". 23h40’ ngày 28/10/2009, ông Obama đáp trực thăng từ Nhà Trắng tới Căn cứ không quân Dover, bang Delaware, cách Washington 160 km, trên máy bay có thi thể của 18 nhân viên của chính phủ và quân đội Mỹ đã thiệt mạng tại Afghanistan. Sau khi tới căn cứ Dover, ông Obama đã có cuộc gặp kéo dài 2 giờ với người thân của các quân nhân Mỹ thiệt mạng. Bà Dona, mẹ của trung sĩ Dell Griffin đã thiệt mạng trong một vụ nổ bom ven đường nhìn thấy Tổng thống Mỹ đi chầm chậm về phía mình, dang rộng vòng tay chuẩn bị ôm lấy bà, vô cùng cảm động. Sáng sớm ngày hôm sau, chiếc quan tài cuối cùng trên máy bay cũng được đưa ra, trong đó là thi thể của binh sĩ Griffin đến từ bang Indiana. Ông Obama bấy giờ mặc một bộ âu phục tối màu, cà vạt xanh sẫm đứng trang nghiêm, bàn tay phải đưa ra chào, không khí trở nên vô cùng long trọng và trang nghiêm. Giới truyền thông Mỹ cho rằng, những động thái trên của Tổng thống Mỹ nhằm cho thấy ông đã vô cùng trăn trở trong vấn đề tăng quân đến Afghnistan. Hai lần tiếp xúc với thân nhân những binh sĩ đã hy sinh này, ông Obama đã gửi tới người dân Mỹ thông điệp: ông là một nhà lãnh đạo cẩn thận, ông biết thương vong nghĩa là gì. Về vấn đề an ninh quốc gia, trợ lý và các quan chức cao cấp của Tổng thống Mỹ nói, ông Obama luôn thăm dò nhiều ý kiến trước khi đưa ra quyết sách. Nhưng các nhân sĩ đảng Cộng hòa lại cho rằng ông không quyết đoán. Phe Dân chủ thì lo lắng ông Obama sẽ thuận theo ý nguyện của các tướng sĩ. Có người lại tiết lộ, trên thực tế ông Obama đang học theo sách lược của cựu Tổng thống Mỹ Kennedy - "suy nghĩ kỹ trước khi khai hỏa". Giống như cựu Tổng thống Kennedy, ông Obama lắng nghe ý kiến của các tướng sĩ nhưng sẽ không bị hạn chế theo đó. Khi xảy ra vụ đánh bom bất thành vào dịp Giáng sinh năm 2009, ông Obama đang có kỳ nghỉ lễ tại Hawaii. Sau khi trở về Washington, Tổng thống Mỹ đã phê bình gay gắt các quan chức cao cấp, nói đó là "thất bại mang tính hệ thống" của hệ thống tình báo Mỹ. Nhưng sau khi phê bình cơ quan tình báo, ông lại nói: "Rút cục, trách nhiệm là ở tôi". Điều đó thể hiện một tinh thần trách nhiệm ở một vị Tổng tư lệnh quân đội