Hiện tại, việc neo đậu và cập cảng của các phương tiện giao thông, vận tải thủy tại đây gặp rất nhiều khó khăn. Trong khi đó, lượng hành khách và hàng hóa ra vào cảng ngày càng nhiều.

Tin từ Cảng Lý Sơn, tâm bão số 9 tràn qua huyện đảo Lý Sơn đã đánh sập cầu dẫn, làm hư hỏng gần 500 mét vuông sàn mặt cầu, một số hạng mục khác của cầu cảng Lý Sơn cũng bị sóng biển đánh sập hoặc hư hỏng một phần. Ước tính thiệt hại ban đầu khoảng 17 tỷ đồng. Ủy ban Nhân dân tỉnh Quảng Ngãi đã kiến nghị Bộ Giao thông vận tải hỗ trợ đầu tư Cầu cảng Lý Sơn với tổng kinh phí ước tính hơn 50 tỷ đồng. Bộ Giao thông vận tải đã đồng ý giao Cục Hàng hải Việt Nam lập dự án đầu tư, nâng cấp cảng, nhanh chóng đưa cảng vào khai thác hiệu quả, đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế- xã hội và đảm bảo an ninh quốc phòng địa phương.