Rừng ở tỉnh Tây Ninh bị khai thác trong thời gian dài trước và sau chiến tranh, những mảng rừng già (rừng nguyên sinh) không còn; bên cạnh đó tình trạng săn bắn tự do không được kiểm soát đã làm cho một số loài thú lớn như: gấu, hổ, báo, nai, vượn… bị tuyệt chủng.

Theo điều tra của các tổ chức trong nước và ngoài nước, hệ thực vật của tỉnh Tây Ninh có 694 loài, thuộc về 5 ngành thực vật, 60 bộ, 115 họ và 395 chi, được tập trung chủ yếu ở Vườn quốc gia (VQG) Lò Gò-Xa Mát, Khu rừng văn hóa - lịch sử Chàng Riệc và rừng phòng hộ Dầu Tiếng. Trong thời gian qua, lực lượng bảo vệ rừng và Hạt Kiểm lâm VQG Lò Gò-Xa Mát đã phát hiện 31 trường hợp vi phạm lâm luật (có 11 vụ vi phạm về quản lý, bảo vệ động vật hoang dã, 8 trường hợp khai thác lâm sản trái phép). Hạt Kiểm lâm VQG Lò Gò-Xa Mát xử lý hành chính 29 vụ với số tiền 28,2 triệu đồng, thu giữ nhiều phương tiện tang vật: xe bò, xe đạp thồ, lưới, 1.611 cái bẫy động vật và chuyển cơ quan chức năng khởi tố hình sự 2 vụ về hành vi săn bắt động vật quý hiếm. Cùng thời gian, VQG Lò Gò-Xa Mát tiếp nhận, thả về rừng 40kg rắn hổ mây, 53 con khỉ, 37kg trút, 25kg rùa, 15kg kỳ đà, 7kg con càng tôm cùng với một số con trăn, cu-li… Nhằm bảo tồn, phát triển đa dạng sinh học về rừng, sử dụng bền vững các nguồn tài nguyên rừng, kiểm soát và ngăn chặn các hành vi xâm hại, UBND tỉnh Tây Ninh đã đề ra 5 chương trình hành động và 13 hoạt động từ năm 2009 đến 2015 và định hướng đến năm 2020