Hiện cán cân thương mại giữa Việt Nam và Cộng hòa Séc đang nghiêng hẳn về phía nước ta.

Năm 2008, tổng trị giá kim ngạch thương mại giữa hai nước tăng 14% và đạt con số 287 triệu USD. Trong đó, Cộng hòa Séc xuất khẩu sang Việt Nam là 34 triệu USD, nhưng nhập khẩu hàng hóa từ nước ta lên tới 253 triệu USD (tăng tới 33% so với năm trước là 190 triệu USD). Nhập siêu là 219 triệu USD. "Trong năm 2009 này, do ảnh hưởng của khủng hoảng kinh tế toàn cầu, nhưng thương mại hai chiều giữa hai bên ước tính vẫn đạt gần 300 triệu USD và Việt Nam tiếp tục là nước xuất siêu", bà Jirina Zakova, đại diện Bộ Thương mại và Công nghiệp Cộng hòa Séc cho biết, nhân chuyến tới Việt Nam tham gia Hội chợ quốc tế Hàng công nghiệp Việt Nam lần thứ 18 (VIIF 2009), diễn ra từ ngày 20-24/10, tại Hà Nội. Đối với Cộng hòa Séc, Việt Nam là vùng lãnh thổ quan trọng trên phương diện hợp tác kinh tế và thương mại. Trong chiến lược xuất khẩu của quốc gia này trong giai đoạn 2006-2010 đã được Chính phủ thông qua, Việt Nam được xếp vào danh sách các quốc gia được ưu tiên. Thời gian qua, hàng hóa xuất khẩu sang Việt Nam chủ yếu của Séc là các mặt hàng có giá trị gia tăng lớn và các mặt hàng cơ khí. Trong đó, những hàng hóa có giá trị lớn hơn 2 triệu USD, theo thống kê của Bộ Thương mại và Công nghiệp Cộng hòa Séc, đứng đầu là máy dệt vải và da đạt 3,2 triệu USD; các loại máy móc công nghiệp khoảng 3 triệu USD; sản phẩm từ sữa và trứng là 2 triệu USD; xe cơ giới khoảng 2 triệu USD. Thành phần hàng hóa nhập khẩu từ Việt Nam trong năm 2008 cho thấy, vị trí hàng đầu thuộc về giày dép (59 triệu USD); vải vóc và quần áo (33 triệu USD); cá (30 triệu USD); cao su nguyên liệu (16 triệu USD); đồ gỗ và các phụ kiện đi kèm (13 triệu USD); xe cơ giới (12 triệu USD); máy móc văn phòng (10 triệu USD). Tiếp theo là các mặt hàng khác nhau như chè, cà phê, hành trang du lịch (như các loại vali...). Việt Nam và Cộng hòa Séc đã thiết lập quan hệ ngoại giao từ năm 1950. Đang có khoảng 60 nghìn người Việt Nam sinh sống tại quốc gia này.