Nậm Tôn cùng với Nậm Huống là 2 phụ lưu chính của sông Dinh (huyện Quỳ Hợp, tỉnh Nghệ An). Sông Nậm Tôn bắt nguồn từ những dãy núi thuộc địa phận các xã Châu Hồng, Châu Tiến và Liên Hợp. Nhiều đoạn trên các xã này, sông chảy ngầm dưới chân núi. Khi về tới địa phận xã Châu Quang, Nậm Tôn hợp với Nậm Huống tạo thành sông Dinh.
Sông Nậm Tôn chảy qua nhiều xã trên địa bàn của huyện Quỳ Hợp (Nghệ An). Đặc biệt, sông chảy ngầm trong nhiều hang sâu nên để tìm nguyên nhân cụ thể cần có thời gian.