Thời gian qua, ngành Nông nghiệp Hà Nội tập trung hỗ trợ các địa phương xây dựng mã số vùng trồng, nhưng một số cơ sở được cấp mã số vùng trồng lại chưa chú trọng công tác duy trì, tự giám sát chất lượng.
Mặc dù đạt được những con số ấn tượng về kim ngạch xuất khẩu nhưng 80% sản lượng nông sản xuất khẩu chưa xây dựng được thương hiệu, chưa có logo, nhãn mác riêng và chưa tham gia đầy đủ vào chuỗi giá trị toàn cầu. Nhiều sản phẩm được xuất khẩu và bán ở thị trường nước ngoài dưới thương hiệu không phải của doanh nghiệp Việt Nam.